Genomi/DNA & perinnölliset riskimarkkerit.

Tilasin taannoin DNA-kartoituksen yksityiseltä, ulkomaiselta yritykseltä: 23andMe

Testauksen heikkoja kohtia on mm. se, että he eivät vastaanota muita kuin sylkinäytteitä; parempi tulos olisi tullut jos olisin voinut lähettää heille tutkittavaksi leikkeitä kasvaimestani joita olisi sitten verrattu terveeseen kudokseen. Noh, näillä mennään, ja tilasin testisetin. He eivät myöskään tarjoa enää nykyään minkäänlaista terveyskartoitusta juridisista syistä, vaikka esim. rintasyövästä tunnetaan jo useita altistavia tekijöitä, sekä vahvasti altistavia (high risk) että kohtalaisen riskin (moderate risk) mutaatioita, joita olisi syytä testata ja asiakkaitten hyödyllistä tietää.

Koska yritys ei tarjoa enää nykyään valmiita raportteja, on jokaisen asiakkaan omissa käsissä miten ja kuinka käsittelee omaa dataansa ja mitä tulkintoja tekee. Koska halusin tietää spesifisesti tunnetut rintasyöpään altistavat geenit ainakin tässä vaiheessa, olen käynyt dataa läpi käsin. Jos osaisin, olisin koodannut itse ohjelman joka käy läpi dataa ja etsii tunnettuja mutaatioita ja tulostaa ne minulle valmiiksi listaksi, vaan en osaa, joten toistaiseksi mennään perinteisellä kopy-paste-metodilla ja tavallisilla hakutoiminnoilla. Oma osaamiseni ei olisi sellaisenaan riittänyt tulkitsemaan alleeleja/mutaatioita, mutta onneksi sain apua kaverilta joka on opiskellut perinnöllisyyttä, genetiikkaa ja muuta aiheeseen liittyvää, joten hän neuvoi alkuun ja häneltä olen saanut kallisarvoista opastusta datan tulkitsemisessa.

Seuraavaksi listattuna tunnetut rintasyöpään altistavat geenimutaatiot, perässä merkittynä oma tulokseni sanallisesti. Olen tarkoituksella jättänyt kertomatta minkälainen geeniyhdistelmä minulla kulloisessakin alleeliparissa/locuksessa/kromosomissa löytyy, yksityisyyden suojan vuoksi. On hyvä huomioida myös se, että yksittäinen mutaatio on hyvin vähäinen riski, riskiä nostaa kumulatiivinen tulos eli toisin sanoen, mitä useampi mutaatio samassa geenissä, sitä korkeampi riski. Tarkoittaa myös sitä että yksittäinen tyhjä tulos ei ole niin merkitsevä, vaan se montako normaalia/mutaatiota kustakin geenistä löytyy kaikkiaan. Tulokset olen kategorisoinut itse seuraavasti:

Normaali = Tunnettu normaali alleeli, ei mutaatiota. Tarkoittaa tervettä geeniä/alleelia.

Korkea = Korkean riskin mutaatio (high/extremely high risk allele, jos perässä on numero, se on riskikerroin. Vertailun vuoksi normaali riski = 1.)

Kohtalainen = Kohtalaisen korkea riski (moderate/high risk).

Matala = Matalan riskin mutaatio (low risk, kerroin suurempi kuin 1, mutta selkeästi pienempi riski kuin muut riskiryhmät)

Olematon = Normaalia matalampi riski (risk lower than normal, kerroin alle 1).

Tyhjä = Alleeli tai mutaatio puuttuu DNA-tulosteestani kokonaan.

Kesken = Selvitystyö kesken.

BRCA1, Normaali/tyhjä:

1. rs1799950: Tyhjä, todennäköisesti normaali. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)
2. rs4986850: Tyhjä, todennäköisesti normaali. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)
3. rs2227945: Tyhjä.
4. rs16942: Tyhjä, todennäköisesti normaali. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)
5. rs1799966: Tyhjä, todennäköisesti normaali. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)
6. i4000377: Normaali. (Mutaatiot tässä geenissä/alleelissa ovat jopa yksittäin korkean/erittäin korkean riskin mutaatioita.)
7. i4000378: Normaali. (Mutaatiot tässä geenissä/alleelissa ovat jopa yksittäin korkean/erittäin korkean riskin mutaatioita.)

BRCA2, Normaali/tyhjä:

1. rs1799954: Normaali.
2. rs766173: Tyhjä, todennäköisesti normaali. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)
3. rs144848: Tyhjä.
4. rs4987117: Normaali.
5. rs1799954: Normaali.
6. rs11571746: Tyhjä.
7. rs11571747: Normaali.
8. rs4987047: Tyhjä.
9. rs11571833: Normaali.
10. rs1801426: Tyhjä.
11. i4000379: Normaali. (Mutaatiot tässä geenissä/alleelissa ovat jopa yksittäin korkean/erittäin korkean riskin mutaatioita.)

CASP8, Normaali:

1. rs17468277: Normaali.
2. rs1045485: Normaali.

MRPS30, tyhjä:

1. rs4415084: Tyhjä.

TNF, Normaali:

1. rs361525: Normaali.

CDKN1A, Normaali:

1. rs3176336: Normaali.

XRCC2, tyhjä:

1. rs3218536: Tyhjä.

8q24, Matalan riskin mutaatio:

1. rs13281615: Matala, kerroin 1-3. Lisätietoa SNPediassa.

CYP51A1, tyhjä:

1. rs1042638: Tyhjä.

CDKN2A, Olematon riski:

1. rs3731239: Tyhjä tai olematon. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)

FGFR2, Matalan riskin mutaatio/Normaali:

1. rs1219648: Matala, kerroin 1-3. Lisätietoa SNPediassa.
2. rs2981582: Tyhjä, todennäköisesti normaali. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)
3. rs2420946: Matala, kerroin 1-3. Lisätietoa SNPediassa.
4. rs2981582: Tyhjä, todennäköisesti normaali. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)

TCF7L2, Normaali:

1. rs12255372: Normaali.

LSP1, Normaali:

1. rs3817198: Normaali.

ATM, Normaali/tyhjä:

1. rs3218707: Normaali.
2. rs4987945: Tyhjä.
3. rs4986761: Tyhjä.
4. rs3218695: Tyhjä.
5. rs1800056: Normaali.
6. rs1800057: Tyhjä.
7. rs3092856: Normaali.
8. rs1800058: Normaali.
9. rs1801673: Normaali.

CDKN1B, Normaali:

1. rs34330: Normaali.

TP53, Normaali:

1. rs1042522: Normaali.

CCNE1, tyhjä:

1. rs997669: Tyhjä, todennäköisesti normaali. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)

AURKA, Normaali/tyhjä:

1. rs2273535: Tyhjä.
2. rs1047972: Normaali.

COMT, Olematon riski:

1. rs4680: Olematon.

CHEK2, tyhjä:

1. rs17879961: Tyhjä, todennäköisesti normaali. (Datassa osittain erilainen merkintätapa verrattuna lähdemateriaaliin.)

Lähde: Eupedia

Lähde: SNPedia

Lähde: http://www.snpedia.com/index.php/FGFR2

---

Yhteenveto: Minulta löytyi siis kahdesta geenistä mutaatiot, sekä 8q24 (rs13281615) että FGFR2 (rs1219648, rs2420946). Hyvää tässä on se, että nyt tiedän perimässäni piilevät rintasyövälle altistavat tekijät sekä sen, että nuo ovat matalan riskin altistajia, joten lapseni on jossain määrin turvassa korkean riskin geenivirheiltä kuten BRCA1 ja BRCA2. Hyvää sekin, että nuo geenivirheet eivät altista kovinkaan monelle muulle syövälle, esim. munasarjasyövälle, ja rintasyöpäkasvaimet ovat näissä tapauksissa yleensä parempiennusteisia, kuten minun kasvaimeni olikin, graduksesta huolimatta. 8q24 geenivirheessä on kyllä se huono puoli, että se altistaa jonkin verran mm. virtsarakon syövälle ja tuleva sytostaatti-cocktail CEF lisää virtsarakon syövän riskiä, joten sen suhteen yritän tehdä ennaltaehkäiseviä temppuja, mm. juoda vettä runsaasti ja tyhjentää rakkoa tiheästi hoitojen aikana.

8q24 eroaa oleellisesti FGFR2 geenivirheestä siten, että 8q24 on erityisesti ”early onset breast cancer” eli saattaa puhjeta juurikin nuorena, kun taas FGFR2 on tyypillisemmin post-menopausaalisen naisen rintasyöpä.

Riskimarkkerit/kertoimet, normaali = 1:

8q24, rs13281615: 1.08-1.11

FGFR2, rs1219648, rs2420946: 1.36, yhdistetty riski jos löytyy 3 mutaatiota. Minulla löytyi kaksi, joista toiselle annetaan riskikerroin 1.64 ja toiselle 1.36, joten riski on jokatapauksessa suurinpiirtein tuota samaa luokkaa. En nyt jaksa lähteä opettelemaan kuinka lasketaan tarkka kerroin, kun ei sillä ole tässä vaiheessa väliä, syöpä tuli jo. Uusimismahdollisuutta miettiessä tuosta voikin olla jotain hyötyä.

Terveestä poikkeava mutaatio joissain geeneissä ei tietenkään automaattisesti tarkoita sitä että sairastuu, se vain tarkoittaa sitä että sairastuu tietyllä todennäköisyydellä/kertoimella tervettä henkilöä helpommin. Kaverini vertasi hyvin visuaalisesti geneettisiä altistajia lukkoihin: On yksilöllistä kuinka monta lukkoa meillä kullakin on ovessa josta syöpä (tai muu vakava sairaus) yrittää tulla sisään. Toisilla lukkoja on vähemmän ja syöpä pääsee läpi helpommin ja vähemmällä koputtelulla, kun taas toisilla lukkoja on moninkertainen määrä. Geneettinen altistus tarkoittaa että lukkoja jonkin tietyn syövän suhteen on vähemmän kuin muilla, joten elintapojen suojaava merkitys korostuu entisestään. Elintavoilla voi myös vaikuttaa negatiivisesti, ja vaikka ovessa olisi moninkertaisesti lukkoja, huonoilla elintavoilla syöpä voi silti puskea läpi, se on vain ajan kysymys. Tervekään ihminen ei siis ole koskaan täysin turvassa.

On myös turhan yksioikoista puhua vain elintavoista, syöville altistaa monet muutkin tekijät kuin elintavat. Rintasyövistä edelleen n. 50% tulee sellaisille naisille joilla ei yksikään tunnettu elintapoihin liittyvä riskimarkkeri toteudu, eli he ovat hoikkia, absolutisteja maratoonareita. Syyllistäminen ei auta.

Omalla kohdallani korkein kerroin on 1.64, eli minulla on normaaliin, terveeseen yksilöön verrattuna 1,64-kertainen todennäköisyys saada tietyntyyppinen rintasyöpä. Tuo kerroin ei ole lopulta kovin suuri, mutta olen todennäköisesti edesauttanut sitä joillain elintavoillani. En surkuttele mennyttä elämää tässä vaiheessa, se mikä on eletty, on eletty, ja elämäni on ollut tähän asti hyvää. Riskitekijöistä löytyy mm. opiskeluaikojen viinanhuuruisia iltoja, roskaruokaa, ajoittaista liikunnan vähyyttä, grillijuhlia, musiikkifestareita, valvottuja öitä, vähän kaikkea. Vaikka olisin tiennyt riskit etukäteen, en olisi jäänyt kotiin nyhjäämään koska mielestäni elämä on turhaa jos sen jättää käyttämättä ja tuhlaa aikansa kotona itkeskelyyn ja stressaamiseen.

Onneksi ei löytynyt BRCA1/BRCA2 geenivirheitä, niitä pelkäsin eniten, erityisesti lapseni vuoksi. Hyvää on myös se, että näillä geenivirheillä ennuste on kuitenkin suhteellisen hyvä, erityisesti verrattuna korkean riskin mutaatioihin ja esim. triplanegatiivisiin kasvaimiin.